SW는 저작권 및 특허권으로서 보호받을 수 있는 영역이기 때문에 저작권법의 보호를 주장하는 측과 특허법의 보호를 주장하는 측의 이해가 상충하는 경우도 있다. 양법의 입법목적이 상이하기 때문에 서로 다른 보호체계를 갖지만, 이용자의 입장에서는 저작권과 특허권의 차이로 인한 의도치 않는 문제에 직면하게 된다.